AUTOPSIE | BACTERIOLOGIE | COPROSCOPIE | SEROLOGIE | VIROLOGIE ou PCR |
Les diverses méthodes diagnostiques utilisées en pathologie animale sont différentes selon les maladies recherchées et selon le support biologique disponible (sang, fèces, organe). Dans tous les cas, « on ne trouve que ce que l’on cherche » donc il faut impérativement se renseigner auprès de son vétérinaire et du laboratoire d’analyses pour effectuer des prélèvements correspondant à la maladie suspectée.
AUTOPSIE
La réalisation d’une autopsie lors d’une mortalité inexpliquée permet dans un certain nombre de cas d’identifier la cause de la mort au vu des lésions observées (lésions digestives ou pulmonaires par exemple).
Une autopsie réalisée dans de bonnes conditions, en particulier en laboratoire, permet d’effectuer des prélèvements d’organes ou de matières pour la réalisation d’analyses complémentaires (bactériologie, virologie, parasitologie). Par ailleurs, certaines lésions peuvent être observées en abattoir : lésions hépatiques dues à des infestations parasitaires (douves), lésions ponctuelles observées sur certains organes (poumon, reins).
En pratique, cette autopsie peut être réalisée par un vétérinaire en ferme, au laboratoire départemental (animaux < 200 kg), à l’équarrissage ou dans un laboratoire voisin (animaux > 200 kg).
BACTERIOLOGIE
La bactériologie est une technique de mise en évidence de bactéries à partir d’un organe infecté (par exemple, poumon, foie, reins, lait).
Elle est principalement réalisée à partir de prélèvements d’organes suite à une autopsie ou à partir d’un prélèvement de lait. Il s’agit d’une mise en culture sur des boîtes de Pétri en laboratoire vétérinaire (ou humain) avec utilisation de milieux spécifiques en fonction du micro-organisme recherché (Escherichia coli, staphylocoque, salmonelle…).
En pratique les principales bactéries identifiables par organe sont les suivantes :
- Poumon : Pasteurella, Mycoplasma, Arcanobacterium…
- Reins, foie : Clostridium,…
- Intestins : Salmonella, Escherichia coli, ….
- Lait : Staphylococcus, Streptococcus, Mycoplasma….
Remarque 1 : deux techniques rapides dites bactérioscopiques permettent de mettre en évidence d’une part certains agents abortifs (coloration de STAMP pour mise en évidence de brucellose, chlamydiose ou fièvre Q qui sont des germes difficilement cultivables) et d’autre part l’agent de la paratuberculose (coloration de Ziehl).
Remarque 2 : la mise en évidence d’un agent bactérien peut être complétée par un antibiogramme qui permet de connaître l’efficacité des différentes classes d’antibiotiques vis-à-vis du germe ; il faut noter qu’un antibiogramme ne peut pas être réalisé pour un mycoplasme.
COPROSCOPIE
La coproscopie est l’examen couramment réalisé pour la mise en évidence d’une infestation parasitaire. Elle est effectuée sur un prélèvement de matières fécales à prélever si possible directement dans le rectum. Après mise en solution et observation microscopique, elle permet d’identifier le nombre d’œufs par gramme (OPG) présent dans les fèces en fonction des différents œufs de parasites présents.
Elle permet d’identifier, en fonction du nombre d’OPG par catégorie :
- Les strongles digestifs et respiratoires (dans ce dernier cas, délai très rapide d’analyse après le prélèvement) ; d’autres outils comme le dosage du pepsinogène peuvent également être utilisés pour une évaluation de l’intensité de l’infestation parasitaire
- La grande douve ; d’autres outils comme la sérologie peuvent également être utilisés car plus sensibles
- La petite douve
- Le paramphistome
- Les coccidies.
Remarque : la mise en évidence des cryptosporidies est plutôt réalisée par une technique de coloration que par une lecture microscopique directe
En pratique, pour avoir une idée précise de l’infestation parasitaire d’un troupeau ou d’un lot d’animaux (bovins, ovins, caprins), il faut prélever plusieurs animaux par lot (3 à 5) et interpréter les résultats avec son vétérinaire qui prescrira ou non un traitement anti-parasitaire adapté.
SEROLOGIE
La sérologie permet de mettre en évidence les anticorps fabriqués par l’organisme contre un agent infectieux bactérien, viral ou parasitaire.
Elle est réalisée sur sérum sanguin à partir d’une prise de sang ou parfois sur lactosérum à partir d’un prélèvement de lait.
Deux sérologies couplées à 4 semaines d’intervalle sur le même animal permettent de mettre en évidence une séroconversion de l’animal vis-à-vis d’un agent pathogène et cet animal passe alors du statut séronégatif au statut séropositif.
Dans certains cas, la séropositivité implique une protection immunitaire de l’animal qui peut être naturelle ou vaccinale (par exemple, séropositif vis-à-vis du BVD).
En revanche, dans d’autres cas, une séropositivité implique une infection latente qui peut se réactiver ou s’exprimer cliniquement (séropositivité vis-à-vis de l’IBR ou de la paratuberculose).
En pratique la technique ELISA est aujourd’hui couramment utilisée dans les laboratoires de diagnostic pour la réalisation des principaux programmes de prophylaxie collective (brucellose, leucose, IBR, varron, BVD, paratuberculose, diagnostic de routine des maladies abortives…).
VIROLOGIE ou PCR
La virologie permet de mettre en évidence des virus (à tropisme respiratoire ou digestif ou autre). C’est une technique délicate, longue et coûteuse qui a progressivement été remplacée par des kits rapides de mise en évidence de certains agents viraux (kits rotavirus / coronavirus pour les diarrhées néo-natales) ou par une technique plus récente appelée PCR (Polymérase Chain Reaction).
La PCR permet actuellement de mettre en évidence la présence de fragments de virus (matériel génétique issu du virus vivant ou mort). Le nombre de cycles d’amplification (CT) du matériel viral permet éventuellement de quantifier le taux d’infection virale ou de dater l’ancienneté de l’infection (pour la FCO par exemple).
En pratique, la PCR est couramment utilisée pour la mise en évidence :
- Du virus BVD dans un prélèvement sanguin ou d’organe
- De la paratuberculose dans des fèces
- Des agents abortifs (chlamydiose, fièvre Q…) dans un placenta ou un avorton
- De la FCO...
Le graphique suivant permet de visualiser, dans le cas de la FCO, la différence entre diagnostic sérologique (réponse des anticorps grandissante jusqu'à 6 mois, mais lente à démarrer) et virologique (la virémie représente la concentration réelle en virus dans le sang à différents stades de l'infection, et la courbe RT-qPCR la réponse obtenue par la méthode de virologie).
